Le agency MBS sono MBS emesse da agenzie federali ed enti para-governativi, che ne garantiscono implicitamente o esplicitamente il credito. Le agency MBS godono di un elevato rating creditizio per due motivi: la garanzia da parte delle agenzie governative e standard qualitativi minimi che caratterizzano i mutui ipotecari che compongono il pool a garanzia. Negli Stati Uniti, le agency MBS sono emesse da Fannie Mae, Freddie Mac e Ginnie Mae. Le agency MBS emesse da Ginnie Mae hanno una garanzia esplicita da parte del governo degli Stati Uniti, mentre per quelle emesse da Fannie Mae e Freddie Mac la garanzia è implicita. La diversa tipologia di garanzia offerta si riflette in un maggior rischio per le agency MBS emesse da Fannie Mae e Freddie Mac.